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Base de datos de secuencias EST
Las etiquetas de secuencias expresadas (ESTs) son fragmentos de secuencias de ARNm derivadas a través de reacciones de secuenciación únicas realizadas en clones seleccionados al azar de bibliotecas de ADNc. Hasta la fecha, se han generado más de 45 millones de EST de más de 1400 especies diferentes de eucariotas. En su mayor parte, los proyectos de EST se utilizan para complementar los proyectos genómicos existentes o sirven como alternativas de bajo coste para el descubrimiento de genes. Sin embargo, con las mejoras en la precisión y la cobertura, están empezando a encontrar aplicación en campos como la filogenética, el perfil de transcripción y la proteómica. Este volumen ofrece detalles prácticos sobre la generación y el análisis de ESTs. Se presentan capítulos que abarcan la creación de bibliotecas de ADNc, la generación y el procesamiento de datos de secuencias, el análisis bioinformático de las EST y su aplicación a la filogenética y la elaboración de perfiles de transcripción.
Análisis en serie de la expresión génica
Los proyectos de desarrollo de capacidades son proyectos de cooperación internacional basados en asociaciones multilaterales entre organizaciones activas en el ámbito de la EFP en el Programa y en terceros países no asociados al Programa. Su objetivo es apoyar la pertinencia, la accesibilidad y la capacidad de respuesta de las instituciones y los sistemas de EFP en terceros países no asociados al Programa como motor del desarrollo socioeconómico sostenible.
Además, el solicitante puede abarcar áreas temáticas no presentadas anteriormente. Deben demostrar que son especialmente adecuados para cumplir los objetivos de la convocatoria y las necesidades identificadas.
Las actividades propuestas deben estar directamente relacionadas con los objetivos y las áreas temáticas de la acción, es decir, deben corresponder a una o varias de las áreas temáticas enumeradas anteriormente y deben detallarse en una descripción del proyecto que abarque todo el periodo de ejecución.
En el contexto de esta acción internacional a escala mundial, las actividades del proyecto deben centrarse en la creación y el refuerzo de las capacidades de las organizaciones activas en el ámbito de la EFP, principalmente en los terceros países no asociados al Programa cubierto por la acción.
Aplicación de las etiquetas de secuencia expresada
Los genomas de los organismos vivos contienen muchos elementos, incluidos los genes que codifican proteínas. Las porciones de los genes que se expresan como ARNm maduro, conocidas colectivamente como transcriptoma, representan sólo una pequeña parte del genoma. Las bases de datos de etiquetas de secuencias expresadas (EST) contienen una parte cada vez mayor del transcriptoma de muchas especies. Por esta razón, estas bases de datos son probablemente la fuente más abundante de nuevas secuencias codificantes disponibles en la actualidad. Sin embargo, los datos brutos depositados en las bases de datos de EST están en gran medida desorganizados, no anotados, son redundantes y tienen una calidad relativamente baja. En este artículo se revisan algunas de las características de los datos EST y los métodos que pueden utilizarse para encontrar nuevas secuencias de proteínas en ellos. Asimismo, documenta una serie de bases de datos, programas informáticos y sitios web que pueden ser útiles para los biólogos interesados en explorar las bases de datos EST a través de Internet, o en establecer un entorno local para tales análisis.
Biblioteca de ADNc
En genética, una etiqueta de secuencia expresada (EST) es una subsecuencia corta de una secuencia de ADNc[1] Las EST pueden utilizarse para identificar transcripciones de genes, y fueron fundamentales para el descubrimiento de genes y la determinación de secuencias genéticas[2] La identificación de EST ha avanzado rápidamente, con aproximadamente 74,2 millones de EST disponibles actualmente en bases de datos públicas (por ejemplo, GenBank 1 de enero de 2013, todas las especies). Los enfoques de las EST han sido sustituidos en gran medida por la secuenciación del genoma completo y del transcriptoma y la secuenciación del metagenoma.
Se pueden mapear las EST a localizaciones cromosómicas específicas utilizando técnicas de mapeo físico, como el mapeo híbrido por radiación, el mapeo Happy o el FISH. Por otra parte, si se ha secuenciado el genoma del organismo que originó la EST, se puede alinear la secuencia de la EST con ese genoma utilizando un ordenador.
El conocimiento actual del conjunto de genes humanos (a partir de 2006 [actualización]) incluye la existencia de miles de genes basados únicamente en pruebas de EST. En este sentido, las EST se han convertido en una herramienta para refinar las transcripciones predichas para esos genes, lo que conduce a la predicción de sus productos proteicos y, en última instancia, de su función. Además, la situación en la que se obtienen esas EST (tejido, órgano, estado de la enfermedad -por ejemplo, cáncer-) da información sobre las condiciones en las que actúa el gen correspondiente. Las EST contienen suficiente información para permitir el diseño de sondas precisas para microarrays de ADN que luego pueden utilizarse para determinar perfiles de expresión génica.
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